O juiz conselheiro José Lopes da Mota, que foi suspenso um mês de funções por pressões no processo Freeport, em 2009, foi nomeado por Francisca Van Dunem para exercer funções no Gabinete da Ministra da Justiça como adjunto no âmbito da preparação e acompanhamento da Presidência Portuguesa do Conselho da União Europeia.
Em 2009, corria ainda a investigação do processo Freeport, tornou-se público o episódio das pressões aos procuradores Vítor Magalhães e Paes Faria, na altura, ambos do Departamento Central de Investigação e Acção Penal (DCIAP). Lopes da Mota, então presidente do Eurojust terá, segundo os queixosos, dito que o Governo de José Sócrates estava incomodado com a investigação e que se o PS perdesse a maioria absoluta alguém "iria pagar caro por isso" e existiriam "retaliações".
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